В 2000 г. окончил Курский государственный педагогический университет, факультет истории.
В 2001 г. окончил Московский государственный социальный университет, юридический факультет.
В 2004 защитил кандидатскую диссертацию на философском факультете Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова.
С 2005 г. ведёт преподавательскую деятельность на кафедре политической психологии, с 2008 г. на кафедре социологии и психологии политики МГУ.
С 2001—2005 гг. руководил Санкт-Петербургским региональным отделением молодёжного движения содействия в воспитании молодёжи Идущие вместеС 2005 — н.в. является комиссаром и идеологом молодёжного движения НАШИ, до 2007 года был секретарём Федерального совета, руководил Федеральным проектом «Наши Выборы».
В 2007 году Федеральный проект движения Наши «Наши Выборы» под руководством Сергея Белоконева для комиссаров и активистов движения проводил Всероссийский молодёжный образовательный форум избирательных технологий «СЕЛИДОН», целью которого были обучение и ведение избирательных кампаний. Лагерь проходил на берегу Азовского моря, в Ростовской области.
В 2007—2011 гг. был депутатом Государственной думы 5-го созыва, избран по партийным спискам Единой России, первый заместитель председателя комитета Госдумы по делам молодёжи.В 2007—2011 гг. организовал и возглавил «Фонд Национальные перспективы» по поддержке молодёжных проектов.
С апреля 2009 — сентябрь 2010 гг. секретарь Смоленского регионального отделения Единой России.В ноябре 2011 года назначен заместителем руководителя Федерального агентства по делам молодёжи.
С 13 июня 2012 года исполняющий обязанности руководителя Росмолодёжи.
23 июня 2012 г. Министр образования и науки РФ Дмитрий Ливанов объявил о назначении Сергея Белоконева руководителем Росмолодёжи.
2 февраля 2014 г. собственноручно выделил себе субсидию в размере 8 601 300 рублей из бюджета РФ на приобретение жилья.
Сергей Белоконев активно принимает участие в различных молодёжных образовательных форумах, проводит образовательные лекции.
По сообщению ряда СМИ, в июле 2014 года посетил молодёжный форум «Селигер-2014» на автомобиле Phantom марки Rolls-Royce.
11 марта 2014 г. Сергей Белоконев покинул пост главы Росмолодежи.