Алексей Смертин родился 1 мая 1975 года.
Почетный гражданин города Барнаула. В Барнауле и Алтайском крае действует спортивная школа Алексея Смертина. Воспитанник барнаульской школы футбола, заниматься футболом начал под руководством своего отца Геннадия Ивановича. Играл за барнаулькое "Динамо". Лучший футболист России 1999 года, обладатель Кубка России 2000 года в составе «Локомотива», Кубка французской лиги 2002 года в составе «Бордо», Кубка английской лиги 2005 года в составе «Челси», чемпион Англии 2005 года в составе «Челси». За все время клубной карьеры провел более 500 матчей. Контракт с клубом «Фулхэм» подписал в конце января 2007 года на 2,5 года. Летом 2008 года выбыл из состава "Фулхэма".
С 2009 по 2011 год — депутат 5 созыва Алтайского краевого законодательного собрания.
16 августа 2011 года был назначен вице-президентом «Локомотива» по аналитической работе и спорту. Однако меньше, чем через год, по окончании сезона 2011—2012, был уволен с этого поста.
29 мая 2012 года защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидат психологических наук по специальности «социальная психология» в диссертационном совете МГОУ.
С сентября 2013 года работает в московском «Динамо» советником Президента.
1 мая 2014 года был избран председателем Федерации футбола Алтайского края
Старший брат Евгений — также футболист, основатель футбольной академии в Барнауле.